| Titre : | Metagenomic Analysis of Milk of Healthy and Mastitis-Suffering Women (2015) |
| Auteurs : | Esther Jimenez, Auteur ; Javier de Andrés, Auteur ; Marina Manrique, Auteur |
| Type de document : | Article : texte imprimé |
| Dans : | Journal of Human Lactation (Vol. 31, n°3, Aout 2015) |
| Article en page(s) : | pp. 406–415 |
| Note générale : | Analyse métagénomique du lait maternel de femmes en bonne santé et de femmes atteintes de mastite [titre traduit] |
| Langues: | Anglais |
| Catégories : | Bactérie ; Composition du lait ; Composition du lait maternel ; Mastite ; Microbiome ; Staphylocoque ; Streptocoque ; Virus |
| Mots-clés: | analyse métagénomique ; ADN ; séquençage shotgun ; champignon ; archéobactérie ; protozoaire ; pyroséquençage |
| Résumé : |
Background:
Some studies have been conducted to assess the composition of the bacterial communities inhabiting human milk, but they did not evaluate the presence of other microorganisms, such as fungi, archaea, protozoa, or viruses. Objective: This study aimed to compare the metagenome of human milk samples provided by healthy and mastitis-suffering women. Methods: DNA was isolated from human milk samples collected from 10 healthy women and 10 women with symptoms of lactational mastitis. Shotgun libraries from total extracted DNA were constructed and the libraries were sequenced by 454 pyrosequencing. Results: The amount of human DNA sequences was ≥ 90% in all the samples. Among the bacterial sequences, the predominant phyla were Proteobacteria, Firmicutes, and Bacteroidetes. The healthy core microbiome included the genera Staphylococcus, Streptococcus, Bacteroides, Faecalibacterium, Ruminococcus, Lactobacillus, and Propionibacterium. At the species level, a high degree of inter-individual variability was observed among healthy women. In contrast, Staphylococcus aureus clearly dominated the microbiome in the samples from the women with acute mastitis whereas high increases in Staphylococcus epidermidis-related reads were observed in the milk of those suffering from subacute mastitis. Fungal and protozoa-related reads were identified in most of the samples, whereas Archaea reads were absent in samples from women with mastitis. Some viral-related sequence reads were also detected. Conclusion: Human milk contains a complex microbial metagenome constituted by the genomes of bacteria, archaea, viruses, fungi, and protozoa. In mastitis cases, the milk microbiome reflects a loss of bacterial diversity and a high increase of the sequences related to the presumptive etiological agents. [résumé de l'auteur] |
| Note de contenu : |
Introduction : certaines études ont évalué la composition des communautés bactériennes du lait maternel, mais elles n’ont pas évalué la présence d’autres micro-organismes, tels que les champignons, les archéobactéries, les protozoaires ou les virus.
Objectif de l’étude : comparer le métagénome des échantillons de lait maternel fournis par des femmes en bonne santé et des femmes atteintes de mastite. Méthodes : l’ADN a été isolé à partir d’échantillons de lait maternel prélevés auprès de dix femmes en bonne santé et de dix femmes présentant des symptômes de mastite lactationnelle. Des bibliothèques ont été créées à partir des échantillons d’ADN totaux recueillis par séquençage shotgun et séquencées en 454 pyroséquences. Résultats : la quantité de séquences d’ADN humain était ≥ 90 % dans tous les échantillons. Parmi les séquences bactériennes, les phylums prédominants comprenaient les protéobactéries, les Firmicutes et les Bactéroïdètes. Le « core microbiome » sain comprenait les genres Staphylococcus, Streptococcus, Bacteroides, Faecalibacterium, Ruminococcus, Lactobacillus et Propionibacterium. Au niveau de l’espèce, un degré élevé de variabilité inter-individuelle a été observé chez les femmes en bonne santé. En revanche, Staphylococcus aureus a clairement dominé le microbiome dans les échantillons des femmes atteintes de mastite aiguë, tandis que de fortes augmentations des fragments de Staphylococcus epidermidis ont été observées dans le lait des femmes atteintes de mastite subaiguë. Des fragments de champignons et de protozoaires ont été identifiées dans la plupart des échantillons, tandis que les fragments d’archéobactéries étaient absents dans les échantillons de femmes atteintes de mastite. Certains fragments de séquences virales ont également été détectés. Conclusions : le métagénome microbien du lait maternel est complexe et constitué de génomes de bactéries, d’archéobactéries, de virus, de champignons et de protozoaires. Dans les cas de mastite, le microbiome du lait reflète une perte de diversité bactérienne et une forte augmentation des séquences liées aux agents étiologiques présumés. [traduction] |
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