| Titre : | Streptococcal Diversity of Human Milk and Comparison of Different Methods for the Taxonomic Identification of Streptococci (2016) |
| Auteurs : | Virginia Martín, Auteur ; Pilar Mediano, Auteur ; Rosa del Campo, Auteur |
| Type de document : | Article : texte imprimé |
| Dans : | Journal of Human Lactation (Vol. 32 n° 4, Novembre 2016) |
| Article en page(s) : | pp. NP84–NP94 |
| Note générale : | Diversité des streptocoques du lait maternel et comparaison de différentes méthodes d'identification taxonomique [titre traduit] |
| Langues: | Anglais |
| Catégories : | Bactérie ; Composition du lait ; Composition du lait maternel ; Streptocoque |
| Mots-clés: | identification taxonomique ; désorption-ionisation laser assistée par matrice-temps de vol (MALDI-TOF) ; séquençage |
| Résumé : |
Background:
The genus Streptococcus is 1 of the dominant bacterial groups in human milk, but the taxonomic identification of some species remains difficult. Objective: The objective of this study was to investigate the discriminatory ability of different methods to identify streptococcal species in order to perform an assessment of the streptococcal diversity of human milk microbiota as accurately as possible. Methods: The identification of 105 streptococcal strains from human milk was performed by 16S rRNA, tuf, and sodA gene sequencing, phylogenetic analysis, and Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight (MALDI-TOF) mass spectrometry. Results: Streptococcus salivarius, Streptococcus mitis, and Streptococcus parasanguinis were the streptococcal dominant species in the human milk microbiota. Sequencing of housekeeping genes allowed the classification of 96.2% (16S rRNA), 84.8% (sodA), and 88.6% (tuf) of the isolates. Phylogenetic analysis showed 3 main streptococcal clusters corresponding with the mitis (73 isolates), salivarius (29), mutans (1)-pyogenic (2) groups, but many of the mitis group isolates (36) could not be assigned to any species. The application of the MALDI-TOF Bruker Biotyper system resulted in the identification of 56 isolates (53.33%) at the species level, but it could not discriminate between S pneumoniae and S mitis isolates, in contrast to the Vitek-MS system. Conclusion: There was a good agreement among the different methods assessed in this study to identify those isolates of the salivarius, mutans, and pyogenic groups, whereas unambiguous discrimination could not be achieved concerning some species of the mitis group (S mitis, S pneumoniae, S pseudopneumoniae, S oralis). [résumé de l'auteur] |
| Note de contenu : |
Introduction : le genre Streptococcus constitue l’un des groupes bactériens dominants du lait maternel, mais l’identification taxonomique de certaines espèces reste difficile.
Objectif de l’étude : étudier la capacité discriminatoire de différentes méthodes permettant d’identifier les espèces de streptocoques afin d’effectuer une évaluation de la diversité en streptocoques du microbiote du lait maternel aussi précisément que possible. Méthodes : cent-cinq souches de streptocoques du lait maternel ont été identifiées grâce à l’ARNr 16S, au gène tuf et au séquençage du gène sodA, à l’analyse phylogénétique et à la désorption-ionisation laser assistée par matrice-temps de vol (MALDI-TOF). Résultats : Streptococcus salivarius, Streptococcus mitis et Streptococcus parasanguinis constituaient les espèces dominantes dans le microbiote du lait maternel. Le séquençage des gènes essentiels a permis la classification de 96,2% (ARNr 16S), 84,8% (sodA) et 88,6% (tuf) des isolats. L’analyse phylogénétique a montré trois groupes de streptocoques principaux correspondant au S. mitis (73 isolats), au S. salivarius (29), au S. mutans (1) pyogéniques (2) groupes, mais plusieurs isolats du groupe S. mitis (36) n’ont été assignés à aucune espèce. La technique d'identification bactérienne MALDI-TOF MALDI Biotyper® de la société Bruker Daltonics Inc. a permis d’identifier 56 isolats (53,33 %) au niveau de l’espèce, mais elle n’a pas pu faire de distinction entre les isolats de S. pneumoniae et de S. mitis, contrairement au système VITEK® MS. Conclusions : il existait un bon accord parmi les différentes méthodes évaluées dans cette étude dans l’identification des isolats de S. salivarius, S. mutans et des groupes pyogéniques, tandis qu’une discrimination sans ambiguïté n’a pas pu être établit pour certaines espèces du groupe mitis (S. mitis, S. pneumoniae, S. pseudopneumoniae, S. oralis). [traduction] |
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